До недавнего времени в состав МСД принимались только стражи и некоторые ведьмы, доказавшие свою лояльность. Однако после распада СССР это изменилось, и встретить в рядах министерства демона, вампира или оборотня - не так уж и сложно, хотя эти расы по-прежнему в меньшинстве.

Звания в министерстве имеют только сотрудники оперативного отдела, остальные считаются состоящими на гражданской службе. Система званий схожа с системой звании полиции, но несколько упрощена.
Студенты Академии имеют звания курсантов, а после выпуска получают звание рядового.
Далее идут звания сержанта, лейтенанта, капитана, майора, полковника и генерала оперативной службы МСД. Каждое из них присваивается либо за определенные достижения, либо за выслугу лет (5 лет за каждое звание).

Каждый сотрудник МСД, в том числе гражданские, имеют удостоверение.
Оперативники во время несения службы обязаны носить форменную черную куртку, на которой нашита фамилия, звание и управление.

Для того, чтобы стать сотрудником МСД, необходимо пройти обучение в Академии (подробнее об этом ниже).

Занимается регулированием и контролем правонарушений в Изнанке.
Большую часть отдела составляют рядовые сотрудники, не состоящие ни в каких службах. Они занимаются патрулированием, выявлением преступников, доставлением их в штаб МСД, то есть, по сути, являются эквивалентом полиции.
Однако есть ряд служб со специальным назначением.
Служба дознания и следствия. Занимаются поиском правонарушителей, сбором улик, допросом свидетелей. Как правило, работают в команде нескольких рядовых оперативников.
Служба Особого Назначения. Включает в себя несколько мобильных отрядов хорошо обученных и опытных бойцов, используемых в экстренных ситуациях.
Служба корректировки сознания. Занимаются стиранием или редактированием памяти смертных, узнавших об Изнанке. Как правило, работают в тройках: два оперативника, один корректировщик (чаще всего ведьма(к), но изредка - демон или полубог).
Служба тюремного заключения и казни. Содержат специальную изнаночную тюрьму, а также исполняют изданные судебно-законодательным отделом приговоры.

В оперативный отдел, по большей части, принимают стражей и специально обученных ведьм - хранителей. Изредка здесь встречаются демоны, вампиры и прочие расы.

Состоит из трех главных связующих звеньев - Гимназии, Академии и Института.

Гимназия для Сверхъестественных Существ (ГСС).
Располагается во всех городах, где есть управления МСД. Дает стандартное среднее общее образование с диплом государственного образца.
При гимназии есть женское и мужское общежитие.
Помимо стандартных учебных дисциплин, здесь также изучают историю Изнанки, расовые особенности и законы Изнанки.

Академия МСД.
Располагается в Москве и филиал - в Санкт-Петербурге. Дает специализированное высшее образование, предназначенное для дальнейшей работы в МСД.

Всего в Академии четыре факультета:
- факультет государственного управления (принимаются только стражи, в последствии работа в головном отделе);
- юридический факультет (принимаются любые расы, в последствии работа в судебно-законодательном отделе или социальном отделе);
- гуманитарный факультет (принимаются любые расы, в последствии работа в научно-образовательном отделе);
- факультет оперативной работы (принимаются любые расы, в последствии работа в оперативном отделе).
Каждый факультет имеет свои кафедры и свои дисциплины.

Обучение длится пять лет. Будущие преподаватели Академии заканчивают аспирантуру.

Институт Сверхъестественных Наук (ИСН).
Занимается изучением:
- рас, их особенностей, взаимодействием с различными материалами;
- истории Изнанки, археологией;
- литературного фонда Изнанки (имеется своя библиотека);
ИСН (а именно работающие в нем ведьмы) также производит эликсиры для хранителей и стражей, так или иначе помогающие в боевой обстановке - восстанавливающие зелья, эликсиры скорости и многие другие.
Также, по недоказанным слухам, занимается разработкой биологического и химического оружия.